## On ouvre le fichier
fichier=open("/Users/ericnoizet/Documents/2ème année/Réforme 2014 2ème année/Python - Exemples/BCPST1_2021_2022/03 - Lecture_Ecriture/query_fasta.txt","r")


## On traite le fichier : on extrait les valeurs

# ch est une liste
ch=fichier.readlines()
# print(ch)

# Attention : \n compte pour UN SEUL caractere - d'où le len()-1 dans le code qui suit
# Si la chaîne ne débute pas par '>', alors on l'ajoute, en virant le dernier caractère, qui est '\n'

final=""
for i in range (len(ch)):
    if ch[i][0] != '>':
        final+=ch[i][:len(ch[i])-1]
print(final)
print(len(final))

## On ferme le fichier
fichier.close()


def mot_position_i(texte,mot,i):
    """Vérifie si mot a une occurrence dans texte en position i du texte"""


test="abcdabcd";mo="ab"
print(mot_position_i(test,mo,0));print(mot_position_i(test,mo,2));print(mot_position_i(test,mo,4))




def cherche_occurrences(texte, mot):
    """Donne la liste de toutes les occurrences de mot dans texte"""



ACG=cherche_occurrences(final,'ACG')
print(ACG);print(len(ACG))


chaine = "Ceci est un essai de phrase"
es=cherche_occurrences(chaine,"es")
print(es)